《盐城工学院学报(自然科学版)》是盐城工学院主办的自然科学类学术期刊，本刊为季刊，国内外公开发行，刊号为：ISSN1671-5322，CN32-1650/N。《学报》设有“博士论坛”等栏目，主要刊登机电工程、化学工程、材料工程、建筑工程、计算机应用及维护、纺织工程、海洋工程等专业的学术论文，竭诚欢迎广大高校教师、科技工作者及广大博士、硕士研究生赐稿。 《盐城工学院学报(自然科学版)》获江苏省一级期刊；1998年全国高专学报《三优》评比，获优秀学报二等奖；2000年中国学术期刊（光盘版）检索和评价数据规范评比获优秀学报奖。
《盐城工学院学报（社会科学版）》（季刊）创刊于1987年，是江苏省教育厅主管，盐城工学院主办的社会科学类学术期刊。是以自然科学为主、兼及高等工程教育研究的综合性学术刊物。1996年盐城工学院成立后，《盐城工业专科学校学报》更名为《盐城工学院学报》，1998年7月经国家新闻出版署批准，《盐城工学院学报》取得正式刊号，刊号为CN32-1499/C。更名后的《盐城工学院学报》仍是以自然科学研究为主的综合性学术刊物。2001年12月，经国家科委批准，创办了《盐城工学院学报（自然科学版）》，刊号为CN32-1650/N。原《盐城工学院学报》变更为《盐城工学院学报（社会科学版）》。 《盐城工学院学报（社会科学版）》主要设置政治、法律、经济管理、文学、语言、历史、高等教育研究等栏目；同时结合地方实际设立了“盐海文化”研究专栏，其内容包括海盐文化研究、新四军研究、沿海滩涂与湿地文化研究、地方文化名人如“二乔”（乔冠华、胡乔木）研究、“二戈”（戈公振、戈宝权）研究、与盐城地方相关的《水浒传》及作者施耐庵研究、《镜花缘》与作者李汝珍研究等。